Struktur Organisasi Badan Pengawas Pemilihan Umum Kabupaten Muna disesuaikan dengan Peraturan Badan Pengawas Pemilihan Umum Nomor 3 Tahun 2022 tentang Tata Kerja dan Pola Hubungan Pengawas Pemilihan Umum, sedangkan untuk Sekretariat Badan Pengawas Pemilihan Umum Kabupaten Muna termasuk kategori Sekretariat Bawaslu Kabupaten Kelas B sesuai Peraturan Bawaslu Nomor 1 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Jenderal Badan Pengawas Pemilihan Umum, Sekretariat Badan Pengawas Pemilihan Umum Provinsi, Sekretariat Badan Pengawas Pemilihan Umum Kabupaten/Kota, dan Sekretariat Panitia Pengawas Pemilihan Umum Kecamatan.

Sekretariat Bawaslu Kabupaten/Kota Kelas B sebagaimana dimaksud dalam Pasal 95 ayat (2) huruf b terdiri atas:

a. Subbagian Administrasi;
b. Subbagian Pengawasan Pemilu dan Hubungan Masyarakat;
c. Subbagian Penanganan Pelanggaran, Penyelesaian Sengketa Proses Pemilu, dan Hukum; dan
d. kelompok jabatan fungsional.